El Museo de Málaga, nacido en 1973 a partir de la fusión del Museo de Bellas Artes con el Museo Arqueológico, con sede en el Palacio de la Aduana, contiene una de las mayores colecciones de pintura del siglo XIX en España, así como diversas colecciones arqueológicas, desde la Prehistoria hasta la época musulmana, además de una valiosa colección romana de bustos, esculturas y piezas funerarias, entre otros efectos. A fecha de hoy se encuentra cerrado al público por hallarse inmerso en un proyecto de remodelación arquitectónica del edificio y de redacción del Plan Museológico, que se espera culmine en 2012.
El Centro de Arte Contemporáneo fue inaugurado en 2003. Concebido según el modelo alemán Kunsthaus, exhibe artes plásticas y visuales desde el último tercio del siglo XX. A este período también pertenece Picasso, el malagueño más universal, motivo de dos museos en la ciudad: la Casa Natal de Picasso y el Museo Picasso Málaga.
El Museo del Patrimonio Municipal reúne unas 4.000 piezas de escultura, pintura, obra gráfica y documentación de valor histórico, que muestran la historia de la ciudad. También de contenido histórico y etnográfico es el Museo de Artes y Costumbres Populares, fundado en 1976 por la Real Academia de Bellas Artes de San Telmo, que retrata la forma de vida de los malagueños en el pasado y en el presente. Estos museos se complementarán con el futuro museo del Palacio de Villalón, con obras de la Colección Carmen Thyssen-Bornemisza.
Museo Loringiano, en el Jardín Botánico La Concepción
Sobre ciencia y tecnología existen tres museos en la ciudad: el Aula del Mar, creado en 1989 con el objetivo de dar a conocer la riqueza del Mar de Alborán; el Museo Nacional de Aeropuertos y Transporte Aéreo, con una colección relacionada con la aviación y los aeropuertos, aviones históricos en exposición, publicidad histórica de compañías aéreas, etc; y el Centro de Ciencia Principia, centro educativo en el que se exponen más de sesenta módulos interactivos y que cuenta con planetario y observatorio astronómico. A éstos se unirá el Museo Art Natura, proyectado en la antigua fábrica de Tabacalera, que albergará una exposición permanente de esculturas, tapices y minerales, entre otras cosas.
Los museos dedicados al arte sacro son numerosos, ya que cada hermandad de semana santa suele tener su propio espacio expositivo. El Museo Catedralicio muestra algunas pinturas de gran valor, como ejemplares de Luis de Morales o José de Ribera, así como pequeñas esculturas del siglo XVII, ornamentos litúrgicos y piezas de orfebrería y de marfil. Por su parte, el Museo Sacro del Císter contiene una colección de escultura y pintura, así como importantes fondos documentales.
Además, existen una serie de museos temáticos como el Museo Interactivo de la Música, con una colección de instrumentos musicales; el Museo Casas de Muñecas, de miniaturas; o el Museo Flamenco, con una colección de guitarras y documentos históricos de este cante.